Der Alt- oder Pertinenzbestand, der historische Hauptbestand des Unitätsarchivs, ist ein großer Mischfond, in dem einzelne gewachsene Bestände, Sammlungen und Einzelstücke zusammengefasst und nach Pertinenz geordnet wurden.

Die Provenienzen sind nicht mehr vollständig zu bestimmen. Die wichtigsten Aktenbildner in diesem Bestand waren die Unitäts-Ältesten-Konferenz mit fast allen ihren angeschlossenen und untergeordneten Kollegien und die Leitungs- und Verwaltungsgremien der Zinzendorfzeit. Weiterhin finden sich in großer Anzahl die privaten und geschäftlichen Unterlagen Zinzendorfs, seiner Familie oder anderer Mitglieder der Brüdergemeine und auch erst im Archiv angelegte Sammlungsbestände.

Die Signaturen der Repertorien (R.1-21, 23, 27, 28) bildet die Klassifikation des Pertinenzbestandes ab, die hier zum besseren Verständnis vereinfacht und umgestellt wurde.

Landesherrliche Konzessionen (R.1)

Synoden und Konferenzen der Zinzendorfzeit (R.2.A)

General- und Provinzialsynode (R.2.B)

Unitäts-Ältesten-Conferenz / Unitätsdirektion (R.3)

• Verhandlungen mit den sächsischen und preußischen Regierungen (R.5)
• Verbindungen zu den Evangelischen Kirchen (R.18)
• Tropoi der Brüder-Unität (R.18.B)
• Verbindungen mit der Römischen und Griechischen Kirche (R.17)
• Beziehungen zum Judentum (R.16)

Departements und Geschäftszweige der Unitäts-Ältesten-Conferenz (R.4)

• Seminare, Pädagogien, Anstalten
• Chorwesen
• Bischoftum
• Unitätsarchiv

Gemeindeangelegenheiten

• Gemeinden in den deutschen Territorien (R.6 - R.10) Barby, Berlin, Breslau, Ebersdorf, Gnadau, Gnadenberg, Gnadenfeld, Gnadenfrei, Goldberg, Guben, Hausdorf, Herrnhaag, Herrnhut, Kleinwelka, Königsfeld, Marienborn, Neudietendorf, Neusalz, Neuwied, Niesky, Norden (Ostfriesland), Rixdorf (Berlin-Neukölln)
• Gemeinden im Kanton Neuenburg / Neuchâtel (R.7) La Chaux-de-Fonds, Le Locle, Montmirail, Peseux
• Gemeinden in Böhmen (R.9)
• Gemeinden in Holland (R.10) Heerendijk, Zeist, Stadtgemeinden
• Gemeinden in dänischen Landen (R.11) Pilgerruh, Christiansfeld
• Gemeinden in Russland (R.12) Sarepta, St. Petersburg
• Gemeinden in England, Irland und Schottland (R.13)
• Gemeinden in Amerika (R.14) Gemeinden in Georgia, Pennsylvania, Wachovia (North Carolina) Die Pennsylvanischen Synoden Brüderthal (Brasilien)

Mission

• Missionsanstalten in Kleinwelka und Missionsschulen (R.15.A)
• Dänisch-Westindien (R.15.B)
• Jamaica (R.15.C)
• Antigua (R.15.D)
• Barbados (R.15.E)
• St. Kitts (R.15.F)
• Tobago und Trinidad (R.15.G)
• Grönland (R.15.J)
• Labrador (R.15.K)
• Alaska (R.15.W)
• Indianermission in Nordamerika (R.15.H.I)
• Kalifornien (R.15.H.IV)
• Nikaragua (R.15.H.II)
• Suriname (Berbice) (R.15.L)
• Demerara (Guyana) (R.15.H.III)
• Südafrika (R.15.M)
• Nyassa-Gebiet (Deutsch-Ost-Afrika) (R.15.M.I)
• Urambo-Gebiet (Deutsch-Ost-Afrika) (R.15.M.II)
• Guinea (R.15.N)
• Algier (R.15.O)
• China, Persien, Palästina (R.15.P)
• Lappland und Samojeden (R.15.Q)
• Kalmücken (R.15.R)
• Ceylon (R.15.S)
• Ostindien (Trankebar, Nikobaren, Bengalen) (R.15.T)
• West-Himalaja (R.15.U)
• Australien (R.15.V)

Diasporaarbeit

• Deutsche Territorien (R.19.B)
• Schweiz (R.19.C)
• Frankreich (R.19.D)
• Dänische Staaten und Schleswig-Holstein (R.19.E)
• Schweden und Finnland (R.19.F.a), Norwegen (R.19.F.b)
• Estland, Livland, Lettland (R.19.G.a)
• Russland (R.19.G.b)
• Ungarn, Siebenbürgen u.a. österreichische Länder (R.19.H)
• Polen und Wolhynien (R.19.J)
• Großbritannien und Irland (R.19.K)
• Nordamerika (R.19.L)

Zinzendorf und seine Familie (R.20)

Personalien (R.21)

Sammlung zur Kirchengeschichte (R.23)

Sammlung zur Brüdergeschichte (R.24)

Manuskripte zu Publikationen (R.28)

Mit dem Dienstantritt von Joseph Theodor Müller als Unitätsarchivar und der Übergabe der Registratur des aufgelösten Unitäts-Vorsteher-Collegiums (UVC) ins Unitätsarchiv begann die Verzeichnung der Neuzugänge, aber auch einiger Altregistraturen, nach dem Provenienzprinzip. Die Liste (Auswahl) beinhaltet die umfangreichen Hauptbestände der Kirchenleitung, Bestände einzelner Gemeinden und Einrichtungen der Brüder-Unität sowie zahlreiche archivische Sammlungen.

Organe der weltweiten Brüder-Unität

• General- / Unitätssynoden (GSyn / USyn)
• Unitäts-Ältestenkonferenz (UAC)
• Unitätsvorsteherkollegium (UVC)
• Unitätsanstaltendiakonie (UAD)
• Missionsdeputation (MDpn)
• Missionsdirektion (MD / MDF)
• Unitäts-Missionsdiakonie (UMD)

Werke der weltweiten Brüder-Unität

• Vorstand der Aussätzigenasyl-Stiftung "Jesushilfe" in Jerusalem (AJH)
• Böhmisch-Mährisches Komitee (BMK)
• Moravian Church Rehabilitation Center, Sternberg (MCRC)
• Unitätsarchiv (UAR)
• Knabenanstalt (KAKw)
• Mädchenanstalt Kleinwelka (MAKw)

Organe der Europäisch-Festländischen Brüder-Unität

• Deutsche Synode (DSyn)
• Synode Distrikt Herrnhut (SynHt)
•  Provinzial-Ältestenkonferenz (PAC)
• Deutsche Unitätsdirektion (DUD)
• Direktion der Evangelischen Brüder-Unität (Distrikt Herrnhut) (DEBU)
• Direktion der Europäisch-Festländischen Brüder-Unität (Distrikt Bad Boll) (EFUD)
• Finanzdirektion (FD)
• Herrnhuter Missionsdirektion (HMD)
• Ausschüsse und Kommissionen Gesangbuchausschuss 1927 (GBA 1927), Choralbuchausschuss 1960 (ChB1960), Gesangbuchausschuss 1967 (GB1967), Liturgienbuchkommission 1907 (LBK1907)

Werke der Europäisch-Festländischen Brüderunität

• Theologisches Seminar (ThS)
• Missionsschule Niesky (MSNy)
• Bibel- und Missionsschule Herrnhut (BMS)
• Pädagogium Niesky (PädNy)
• Erdmuth-Dorotheen-Haus Neudietendorf (EDHNd)
• Frauenschule Neudietendorf (FrSNd)
• Knabenanstalt Neuwied (KANw)
• Knabenanstalt Prangins (KAP)
• Knabenanstalt Peseux (KAPx)
• Mädchenanstalt Gnadenberg (MAGg)
• Mädchenanstalt Herrnhut (MAHt)
• Mädchenanstalt Montmirail (MA-Mt)
• Gnadauer Unterrichtsanstalten (UGn)
• Unitätskinderheim Herrnhut (UKHt)

Gemeinden und Chorhäuser (meist nur Restarchive)

• Diasporahaus-Archiv Herrnhut (DAHht)
• Gemeindearchiv Barby (GABy)
• Gemeindearchiv Herrnhut (GAHt)
• Gemeindearchiv Gnadenfrei (GGi)
• Gemeindearchiv Sarepta (bei R.12)
• Schwesternhausarchiv Gnadenfrei (SHAGi)
• Schwesternhausarchiv Herrnhut (SHAHt)
• Vorsteheramt Gnadenfeld (VAGd)

Sozietäten

• Sozietät Forst (SzFo)
• Sozietät und Brüdervereinigung Görlitz (SzGz)
• Sozietät Königsberg (SzKb)
• Sozietät Kopenhagen (bei R.19)
• Sozietät Straßburg (SzSg)

Personennachlässe und -sammlungen

Betriebe

• Dürninger-Archiv (ADC)
• Stern-Gesellschaft mbH Herrnhut (StG)

Sammlungen

• Ethnographische Sammlung (ES)
• Museumsgegenstände (M)
• Musikaliensammlung (Mus)
• Lebenslaufsammlung (R.22)
• Mitgliederverzeichnisse (R.27)
• Sammlung Stammbücher (SBü)
• Fotosammlung (FS)
• Gemäldesammlung (GS)
• Personenbildsammlung (P)
• Silhouettensammlung (S)
• Topographische Sammlung (TS)

Die Archivbibliothek besteht aus den Abteilungen Alte und Neue Brüdergeschichte sowie Allgemeine Wissenschaften. Die Neuzugänge nach 1945-2007 haben eine neue systematische Aufstellung erhalten. Seit 2008 werden sie nach numerus currens aufgestellt. Darüber hinaus fanden nach 1945 eine Reihe weitererer in sich geschlossener Bibliotheken neben der Archivbibliothek Aufstellung oder wurden als Buchsammlungen neu konzipiert.

Altbestand der Archivbibliothek (bis 1945)

• Alte Brüdergeschichte (AB)
• Neue Brüdergeschichte (NB)
• Allgemeine Wissenschaften (A-O)

Neuzugänge

• Systematische Aufstellung bis 2008 (Q-T)
• Aufstellung nach numerus currens ab 2008
• Zeitschriften und Gemeindeblätter (Z)

Cimelien-Sammlung des Pädagogiums Niesky (Cim)

Bibliothek des Achtzehnten Jahrhunderts (BAJ)

Bibelsammlung (BS)

Bibliothek des Theologischen Seminars (ThS)

Bibliothek Dürninger

Schulbibliothek Montmirail